Le transept est court. Il donnait d’un côté accès aux bâtiments conventuels (dont on a cependant jamais pu retrouver de vestiges) et de l’autre accès à un escalier montant aux tours et au chemin de ronde aménagé dans la partie fortifiée surélevée. De part et d’autre, aux extrémités, des escaliers permettent de descendre à la crypte.
Les Anciens disent que c’est dans le sol du transept qu’on perçoit le mieux la présence de courants telluriques : certaines personnes sensibles les ressentent par des picotements dans les pieds et les jambes. L’emplacement des églises, dont celle de Mont, aurait été déterminé sur les lignes de courants telluriques pour l’énergie qu’ils dégagent et qui, dit-on, inspiraient les prêtres…
Dans le sol du transept, on distingue la sépulture de 2 prêtres. Les pierres tombales du XVIIIe siècle portent l’une des inscriptions en Latin, l’autre en vieux Français.
Dans le bras nord, on distingue la forme d’une porte condamnée : il pourrait s’agir de l’ancien accès aux bâtiments conventuels ou d’une « porte des morts » ouvrant vers le cimetière.